Die Hörsel in Eisenach ist ausgebaut und kann so kleinere Hochwasser abführen. In der Innenstadt sind entlang der Hörsel zwei Hochwasserschutzanlagen zu finden. Unterhalb der Brücke Karolinenstraße verläuft ein 250 m langer Deich mit integrierter Hochwasserschutzwand am rechten Ufer. Weiter stromab befindet sich ein 870 m langer Deich zwischen der Brücke Mühlhäuser Straße und der Brücke Kasseler Straße linksseitig der Hörsel. Beide Deiche werden derzeit bei Hochwasserabflüssen HQ(10), die also statistisch aller 10 Jahre auftreten, überströmt. Eine gewisse Hochwasserschutzfunktion in den verbleibenden innerstädtischen Bereichen übernehmen die dort vorhandenen Uferwände. Ausuferungen in diesen Abschnitten beginnen heute zwischen HQ(10) und HQ(20).
Zwischen der Kasseler Straße und der Brücke im Zuge der Stedtfelder Straße L1021 befinden sich in der Unterhaltungslast des Landes Thüringen mehrere Hochwasserschutzanlagen sowohl links- als auch rechtsseitig der Hörsel. Die Anlagen rechtsseitig der Hörsel zum Schutz der Wohnbebauung an der Stedtfelder Straße haben eine Gesamtlänge von rund 1.600 m und aktuell einen Schutzgrad zwischen HQ(20) und HQ(50).